Acrescente os repositórios

echo "deb http://packages.dotdeb.org wheezy-php56 all" >> /etc/apt/sources.list
echo "deb-src http://packages.dotdeb.org wheezy-php56 all" >> /etc/apt/sources.list

baixe e instale as chaves GnuPG do repositório

wget http://www.dotdeb.org/dotdeb.gpg
apt-key add dotdeb.gpg

Atualize a lista de pacotes e instale o os pacotes php5 php5-mysql

apt-get update -q
apt-get install -yq php5 php5-mysql

Referências:
https://www.dotdeb.org/instructions/
https://hub.docker.com/r/ezegolub/apache-php56/~/dockerfile/

Primeiro vamos instalar o LEMP e algumas depêndencias

apt-get install mysql-server php5-mysql nginx php5-fpm unzip php5-gd php5-geoip

Agora é baixar o Piwik, ajustar permissões e o banco de dados binário para geolocalização

wget http://builds.piwik.org/piwik.zip
unzip piwik.zip
mv piwik /home/sftp/quijaua.net/public_html/
chmod 775 /home/sftp/quijaua.net/public_html/piwik/tmp/assets/
cd /home/sftp/quijaua.net/public_html/piwik/misc
wget http://geolite.maxmind.com/download/geoip/database/GeoLiteCity.dat.gz
gunzip GeoLiteCity.dat.gz 
mv GeoLiteCity.dat GeoIPCity.dat
chown -R quijaua: /home/sftp/quijaua.net/public_html/piwik/

depois o criar o banco de dados e ajustar as permissões

GRANT CREATE,ALTER,SELECT,INSERT,UPDATE,DELETE,DROP,CREATE TEMPORARY TABLES ON piwik.* TO 'piwik'@'localhost' identified by 'suasenha';
GRANT FILE ON *.* to 'piwik'@'localhost';
create database piwik;
flush privileges;

Levando em conta que o site ficará em quijaua.net a configuração do Nginx ficou

server {
        listen          80;
        server_name quijaua.net;
        root   /home/sftp/quijaua.net/public_html/piwik;
        access_log   /var/log/nginx/piwik-access.log;
        error_log  /var/log/nginx/piwik-error.log info;
        client_max_body_size 10m;
        index index.php;
        # Disable all methods besides HEAD, GET and POST.
        if ($request_method !~ ^(GET|HEAD|POST)$ ) {
            return 444;
        }
        # Support for favicon. Return a 204 (No Content) if the favicon
        # doesn't exist.
        location = /favicon.ico {
                 try_files /favicon.ico =204;
        }
        # Try all locations and relay to index.php as a fallback.
        location / {
                 try_files $uri /index.php;
        }
        # Return a 404 for all text files.
        location ~* ^/(?:README|LICENSE[^.]*|LEGALNOTICE)(?:\.txt)*$ {
                 return 404;
        }
        location ~ \.php$ {
                fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
                fastcgi_pass   127.0.0.1:9001;
                fastcgi_index  index.php ;
                include fastcgi_params;
                fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
        }
}

e pool do php5-fpm

[quijaua.net]
listen = 127.0.0.1:9001
listen.allowed_clients = 127.0.0.1
user = quijaua
group = quijaua
pm = dynamic
pm.max_children = 2
pm.start_servers = 2
pm.min_spare_servers = 1
pm.max_spare_servers = 2
pm.max_requests = 500
chdir = /
php_admin_value[open_basedir] = /home/sftp/quijaua.net/public_html/piwik:/usr/share/php5:/tmp/:
php_admin_value[error_log] = /var/log/php-fpm/piwik-error.log
php_admin_flag[log_errors] = on
php_flag[display_errors] = off
php_flag[file_uploads] = off
php_admin_value[upload_tmp_dir] = /home/sftp/quijaua.net/tmp/
php_admin_value[session.save_path] = /home/sftp/quijaua.net/tmp/
php_flag[expose_php] = off
php_flag[upload_tmp_dir] = off
slowlog = /var/log/php-fpm/piwik-slow.log
php_value[always_populate_raw_post_data]=-1

E reiniciar o nginx e php5-fpm

/etc/init.d/php5-fpm restart
/etc/init.d/nginx restart

Agora é só entrar no endereço http://quijaua.net e inserir as informações do banco de dados e criação do usuários administrativo.

Há algum tempo eu tenho usado o rssh nos servidores dos clientes, isso porque eu posso criar um usuário e enjaular a solução nele. Assim posso customizar permissões em arquivos e diretórios de forma que melhore a segurança do servidor como um todo. Além disso por abandonar o uso de FTP pelo SFTP e aumentando também a segurança na troca de arquivos (com dados criptografados).

Instalando rssh e dependências da solução

apt-get install -y rssh ssh openssh-server

Customização a configuração e criando o sistema virtualizado

mv /etc/rssh.conf /etc/rssh.conf.old
echo "logfacility = LOG_USER" > /etc/rssh.conf
echo "allowsftp" >> /etc/rssh.conf
echo "umask = 066" >> /etc/rssh.conf
echo "chrootpath = /home/sftp" >> /etc/rssh.conf
chmod u+s /usr/lib/rssh/rssh_chroot_helper
mkdir /home/sftp/
cd /usr/share/doc/rssh/examples
sh mkchroot.sh /home/sftp

Depois disso crio um usuário e ajustando o tipo de interpretador (no caso, o rssh) e diretório

useradd -m -d /home/sftp/quijaua.net -s /usr/bin/rssh quijaua
chown -R root: /home/sftp/quijaua.net

Depois crio o diretório público, onde irei colocar o CMS e um diretório temporário que será de uso exclusivo do projeto e do usuário.

mkdir /home/sftp/quijaua.net/{tmp,public_html}
chown -R quijaua: /home/sftp/quijaua.net/{public_html,tmp}

Bem, só com esses ajustes já está configurado a virtualização simples. Se acaso quiser que o usuário tenha acessa ao servidor é necessário inserir uma senha e colocar instruções no servidor SSH.

Para inserir uma senha, uso o comando

passwd quijaua

E as instruções para o SSH é só inserir no arquivo /etc/ssh/sshd_config o conteúdo

Match User quijaua
    ChrootDirectory /home/sftp/quijaua.net
    AllowTCPForwarding no
    X11Forwarding no
    PasswordAuthentication yes
    ForceCommand internal-sftp

e reiniciar o SSH.

/etc/init.d/ssh restart