Meu sistema estava com o GIMP como padrão para abrir arquivos PDF no Firefox. Para alterar isso eu rodei o comando:
xdg-mime default okularApplication_pdf.desktop application/pdf
para saber qual é o programa configurado como padrão rode o comando
xdg-mime query default application/pdf
Os ajustes ficam gravados no arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Outras opções para alterar diretamente no Firefox o programa padrão