Recentemente tive que limpar o banco de dados de uma aplicação de um cliente e usei um TRUNCATE em todas as tabelas, tipo isso

TRUNCATE TABLE `atividades`;

e não sobrou nada 🙂

Mas no caso da tabela usuários eu tive problema, pois tinha manter os registros do tipo administrador. Então fiz assim

delete from usuarios where tipo='redator' or tipo = 'visitante' or tipo = '';

Remove usuários do tipo redador, ou visitante e ou vazio (deixando vazio entre aspas simples)… e assim administrador era poupado.

Outra forma de remover todos, exceto administrador é assim

delete from usuarios where tipo !='administrador';